O NECOOP atua em agroecologia com assessoria e formação metodológica (SPDH — Sistematização de Práticas e Diálogo de Saberes) junto a agricultores e técnicos da região da Fronteira Sul, incluindo intercâmbios internacionais de experiências agroecológicas. Entre as produções do Núcleo está o Guia Metodológico de Agroecologia, voltado a educadores e agentes de processos populares.
